首先，将创业板市场设置在深交所有利于我国债券市场的整体布局。在上交所的主板市场经过多年的发展已经比较完善，其服务的对象主要是大中型企业，而设置在深交所的创业板市场主要服务对象主要是中小创新型企业，这样一南一北，一“大”一“小”的配合，不论对于国内企业来说还是对于今后市场国际化发展来说都是最优的策略选择。
其次，这样的设置是符合实际的。上海作为我国的经济贸易中心很多大中型的企业总部都设置在上海，而深圳作为后起之秀是很多创业青年的首选之地，据数据显示，深圳平均每天成立的公司都达到500多家，故将创业板放置深交也是出于现实的考虑，比较符合我国企业发展的地区结构现状。
最后，创业板事实上是相对独立于主板市场的，若是将创业板放置在上交所会给上交所的管理带来混乱，除此之外创业板给中小企业的优惠，易诱发大中型企业在资金市场对中小企业的挤占，从而导致市场乱象。综上，从我国债券市场的整体布局，企业地区结构现状以及主板创业板的关系可知，将创业板设置在深交所是比较好的选择。