清代将较早内附的漠南蒙古各部称为“内札萨克蒙古”，将后来陆续归附的喀尔喀、厄鲁特等部称为外札萨克蒙古，不设札萨克的察哈尔、唐努乌梁海等部称为内属蒙古。“内札萨克蒙古”后来演变出“内蒙古”一词。
在蒙古语中，内蒙古的名称原来和汉语一致（鲍培转写：dotuγadumongγol；西里尔写法：дотоодмонгол）。1947年内蒙古自治政府将蒙古语名称更改为（鲍培转写：öbörmongγol；西里尔写法：өвөрмонгол），并沿用至今。其中（鲍培转写：öbör；西里尔写法：өвөр）蒙古文意思是“山的阳面”即“阴山的南面”。汉语一般仍称为“内蒙古”，也有少数人称这一地区为来源于漠南蒙古的一词，直译“南蒙古”。
史前历史
远古时期，内蒙古已经是仰韶文化的分布范围。另见辽河出土的红山文化。春秋战国之前，一些北方的游牧民族，如匈奴和东胡人在今天的内蒙古地区游牧生活。
据史记记载夏桀的儿子淳维在夏朝灭亡后北逃建匈奴，史记还笼统的介绍了淳维北遁后匈奴千余年的历史。
“东胡”一名最早见于成书年代可能是先秦的《逸周书》，《逸周书·王会篇》提到“东胡黄罴山戎戎菽”，考证认为，早在商初东胡就活动在商王朝的北方。在老哈河与西拉木伦河流域发掘的东胡人墓葬被认为是对上述说法的旁证。
秦长城遗址
战国后期，燕国、赵国、秦国的领土已经拓展到今天的内蒙古地区，中原的华夏民族开始在阴山山脉南部定居。赵国国君赵武灵王推广“胡服骑射”，打败林胡、楼烦这两个游牧民族之后，在今呼和浩特托克托县建云中城。中原的华夏民族开始在呼和浩特定居。“赵长城”经过呼和浩特北面的大青山。
燕将秦开击败东胡之后，构筑“燕北长城”，在今内蒙古赤峰市南建右北平部，治所在宁城。东胡之后往北迁移。
秦国的北部领土已经拓展到今天的内蒙古地区，成为西部霸主。
辽金以前
河套地区
匈奴冒顿单于在夺取单于之位后，公元前206年灭了东胡，并对汉朝产生威胁。匈奴帝国疆域十分广阔，疆域最东达到辽河流域，最西到达葱岭（现帕米尔高原），南达秦长城，北抵贝加尔湖一带。内蒙古地成为了匈奴与中原王朝争夺的焦点。
东胡被匈奴冒顿单于击败，馀部聚居乌桓山和鲜卑山，形成后来的乌桓族与鲜卑族。从此东胡的名字从历史上消失。乌桓山和鲜卑山都在今天的内蒙古境内。东汉末年，乌桓部落被曹操攻克，乌桓山便不见于史籍。
匈奴势力期间两次分裂成北匈奴和南匈奴，其中北匈奴逐渐北迁、西迁。南匈奴逐渐内徙，后在五胡乱华期间被消灭。
秦始皇修筑万里长城，连接和增建加固从前各国的长城，以防御匈奴。阴山山脉南部，如云中郡，是边防重镇。
两汉时修筑汉长城并且对匈奴的三百战争最终取胜，汉朝全盛时，在今天的漠南地区置五原郡、朔方郡，辖境相当于今巴彦淖尔市、包头市和鄂尔多斯市一带。著名将领吕布就出生于此。
鲜卑起源于辽东塞外鲜卑山，后主要活动于内蒙古东部科尔沁右翼中旗哈古勒河附近。内蒙古是两晋南北朝时期胡人迁入中原的主要发起地之一。四世纪西晋灭亡后，鲜卑陆续在今天的中国北方建立前燕、代国、后燕、西燕、西秦、南凉、南燕及北魏等国，而漠北则由鲜卑别支柔然称霸。
北魏太延五年（439年）拓跋鲜卑人建立的北魏统一北方，之后时常与柔然发生冲突。而后北魏经历六镇之乱后分裂成东魏、西魏，东魏、西魏随后也分别被北齐、北周所篡。最后北周统一华北，于隋开皇元年（581年）因杨坚篡位而亡。称霸塞北的柔然汗国也于南朝梁承圣元年（552年）为突厥汗国所灭。
北齐、北周和隋唐时突厥势力左右蒙古高原。
隋开皇十九年（599年），东突厥突利可汗在突厥内战中战败只身南下归附隋朝，隋文帝册封突利可汗为启民可汗。在隋朝的大力扶持下，突厥启民政权在内蒙古建立。这个政权直辖于隋朝中央政府。隋朝与启民政权保持着密切的宗藩关系和使臣往来。隋炀帝曾先后两次亲自出塞北巡，开中原王朝皇帝亲临塞北藩属政权巡视的先例。
隋大业七年（611年），西突厥处罗可汗亦降隋。隋朝短暂的控制了大约今内外蒙古全境。
东突厥
唐太宗时，突厥颉利可汗南下侵唐，迫使唐结渭水之盟。突厥颉利可汗的牙帐在定襄（今内蒙古清水河县林格尔北土城子古城），贞观四年（630年）正月，唐将李靖率三千精骑夜袭阴山趁黑夜攻下颉利可汗的牙帐所在地，迫使颉利可汗逃遁铁山（今内蒙古白云鄂博），贞观四年（630年）三月颉利被俘，东突厥亡。唐军把颉利带到长安，颉利可汗后投降唐朝，老死长安。
唐朝在突利可汗故地设置顺、祐、化、长四州都督府，颉利可汗故地置定襄都督府、云中都督府。贞观二十年（646年），唐朝联合回纥等铁勒部落，击灭薛延陀。由燕然都护府管理铁勒故地，治所在阴山之麓（今内蒙古杭锦后旗），辖境东到大兴安岭、西到阿尔泰山、南到戈壁、北到贝加尔湖的整个蒙古高原。永徽元年（650年），唐朝军队俘车鼻可汗，突厥故土尽为唐有。唐高宗设瀚海都护府（后改为单于都护府），治所在云中故城（今内蒙古和林格尔西北土城子），领狼山、云中、桑干三都督、苏农等二十四州。五代初年，契丹入侵，神册元年（916年），契丹占领云中故城，单于都护府废除。
唐代天宝元年（742年）将云州改为云中（今山西大同市），辖境约是今日的内蒙古土默特右旗以东，大青山以南，卓资县以西，黄河南岸及长城以北。乾元元年（758年）云中再改为云州。
唐安史之乱后，内蒙古地西部为回鹘国控制，以明教为国教。东部为兴起的契丹人的势力范围。
辽金时期
五代十国初柔然人的一支后裔契丹人耶律阿保机于907年创立了契丹部族政权，神册元年（916年）建立契丹国，会同十年（947年）更国号为辽国，期间在今内蒙古赤峰市巴林左旗附近建立了蒙古草原上的第一个都城上京。辽代“丰州”为今呼和浩特市附近。
辽被金灭了之后，蒙兀室韦人的一个小小分支的后裔蒙古人进入这一地区，今内蒙古的大部地区还是属于金国的范围。在云中一带生活的是突厥支的汪古。
元朝时期
中书省
开禧二年（1206年）成吉思汗建立了大蒙古国，54年之后元世祖忽必烈在中原建立了元朝。忽必烈迁都大都前的上都（开平城）就在今内蒙古的锡林郭勒盟正蓝旗境内，多伦县西北闪电河畔。
漠北地区是初期蒙古帝国的核心地，帝国初期首都就在漠北的哈拉和林。景定元年（1260年），蒙哥汗死后，留守首都的阿里不哥被蒙古本土的贵族推举为大汗，据有漠北。而忽必烈闻讯后，也在开平自立为大汗，据有漠南。双方遂展开激烈内战，历时四年之久。1264年阿里不哥力竭投降，忽必烈把他幽禁，不久逝世，或谓遭忽必烈毒杀。漠北、漠南尽为忽必烈所有。
由于忽必烈的政治、军事和经济力量的基础都在漠南地（今内蒙古），因此不再以和林为都城，而迁都于燕京，并改称大都。由于政治中心南移，漠北置和林宣慰司都元帅府镇守。后改为岭北等处行中书省，省会和林，管辖范围大概为今内蒙古北部、蒙古国全境、西伯利亚南部。而今天内蒙古东部的呼伦贝尔市，通辽市属于辽阳等处行中书省，西部一部分土地属于甘肃行省，中部一小部分直辖于行中书省。
明朝时期
明朝九边
明朝成立后元朝残余势力退回漠北，戈壁沙漠北部是蒙古人北元和洪武二十一年（1388年）北元覆亡之后而分裂出来的鞑靼和瓦剌和兀良哈的活动范围，漠南则是明军对抗北元的前线反攻基地。明朝在漠南地区先后设置了卫所40多处分别为九大塞王辖区，永乐元年后诸卫非徒既废。土木堡之变英宗复辟后河套无人驻守，鞑靼在天顺年间（1457年—1464年）开始有规模地进入河套，15世纪末，东部蒙古首领达延汗统一漠南蒙古实现“中兴”。隆庆六年（1572年），蒙古首领达延汗的孙子阿勒坦汗率土默特部驻牧呼和浩特，并在今玉泉区境内建“库库和屯”城，从此土默特部从草原游牧过渡到定居生活。阿勒坦汗在此前和明朝订立藩属关系，阿勒坦汗被奉为“顺义王”。明政府于万历年间赐汉名“归化”，意思是令少数民族归顺、化一，服从明朝廷的统治。
明朝在辽东西部、漠南南部、甘肃北部和哈密一带先后设置了蒙古卫所20多处，各卫所长官由蒙古封建领主担任。
清治时期
皇太极
漠南蒙古16个部49个封建主在崇德元年（1636年）前后归属于清朝。此后，漠北蒙古和青海的厄鲁特蒙古各部封建主先后向清朝遣使纳贡。同时，沙俄的侵略魔爪伸进了中国新疆厄鲁特蒙古地区，并收买和策动厄鲁特准噶尔部贵族噶尔丹等对青海蒙古、漠北蒙古和漠南蒙古发动侵袭，清朝经过多次用兵，终于在乾隆四十一年（1776年）平定了准噶尔少数贵族的叛乱，重新统一了蒙古族地区。为了加强对蒙古族的统治，在重新调整蒙古原来的大小封建领地“兀鲁斯”、“鄂托克”的基础上，清政府参照满族的八旗制，在蒙古族地区建立了盟旗制度[5]。
清朝雍正十三年（1735年）至乾隆四年在今呼和浩特东部新建军事驻防城，命名为“绥远城”，后将“归化”、“绥远”两城合并为归绥县。清朝时漠南蒙古没有统一的行政区划，内札萨克49旗分属于6个盟，同时呼伦贝尔地区隶属黑龙江。
鸦片战争后，沙俄不仅通过一系列不平等条约侵占了中国大片领土，还攫取了各种特权，倾销商品、输出资本、修筑铁路、掠夺资源，控制蒙古地区的经济命脉，掠夺和搜刮财富。[5]
僧格林沁
咸丰九年（1859年）6月，英、法侵略军进犯大沽口，驻守在那里的2000多名蒙古族骑兵在僧格林沁的指挥下，不顾清朝政府的卖国投降命令，奋起自卫还击。经过一昼夜激战，击沉敌舰4艘，毙伤敌军400多人，打得侵略军狼狈逃窜。[5]
太平天国运动时期，蒙古族人民掀起了反对清朝政府和蒙古族封建统治阶级的斗争。咸丰八年（1858年），内蒙古伊克昭盟乌审旗爆发了由贫困牧民丕勒杰等领导的“独贵龙”运动（或作“多归轮”，蒙古语“环形”、“圈子”之意。参加“独贵龙”的人，开会时按环形席地而坐，发表文件签名时也依次将名字排成一个圆圈，因以得名），反抗贵族官吏的苛捐杂税和兵差徭役。此后，在内蒙古西部地区，蒙古族人民都以“独贵龙”的形式与统治阶级不断地展开斗争。内蒙古东部则有蒙古族白凌阿领导的义州、朝阳起义，汉、蒙古等族人民团结战斗，打击了统治者。[5]
民国
辛亥革命时期，沙俄趁机勾结和支持少数封建上层和喇嘛活佛——哲布尊丹巴等在蒙古地区策动所谓“独立”、“自治”，煽动民族败类发动叛乱，妄图借机吞并蒙古地区。清亡之后喀尔喀蒙古走向独立，而内蒙古则在中华民国的统治下，分属于若干省。民国二年（1913年），国民政府改今呼和浩特为归绥县，1928年，绥远建省，以归绥县城区设立归绥市，作为省会。内蒙古地仍然没有统一的行政区划，分属于绥远省、热河省、察哈尔省、宁夏省、黑龙江省等。
辛亥革命后，日本帝国主义加快侵略步伐。抗日战争期间，漠南蒙古的一部分地区曾被日本军占领，德王为首的群体与日本帝国合作，成立“蒙疆联合自治政府”等机构，管理内蒙古部分地区。20世纪30年代初，内蒙古大部分地区沦为日本帝国主义的殖民地。他们网罗蒙、汉奸头目，如德穆楚克栋鲁普（即德王）、李守信、王英等，拼凑伪军，建立傀儡政权，对沦陷区蒙、汉各族人民进行残暴统治。[5]日本人将归绥市改为“厚和特别市”。日本战败后，复称归绥市。
共和国
内蒙古自治政府成立后领导人检阅人民自卫军
民国三十六年（1947年）4月23日，在王爷庙（今乌兰浩特市）举行内蒙古人民代表会议，来自内蒙古大部分盟旗的蒙古、达斡尔、鄂温克、汉、满、回、朝鲜等各民族代表393人出席会议。会议通过决议，成立了内蒙古自治政府，包含了察哈尔省、兴安省以及宁夏省、热河省、黑龙江省和绥远省的部分地区，选举乌兰夫为自治政府主席。会议决定每年的5月1日为内蒙古自治政府成立纪念日。1949年11月，经中央人民政府政务院总理周恩来批准，自治政府迁址张家口。
1952年11月张家口划归河北省。1954年，内蒙古自治区人民政府迁到归绥市，并改称呼和浩特市，定为内蒙古自治区首府。同年宁夏省撤销，并入甘肃省。
1955年，撤销热河省。赤峰、乌丹、宁城3县及敖汉旗、喀喇沁旗、翁牛特旗（原翁牛特蒙古族自治旗改设）3旗划归内蒙古自治区昭乌达盟。
1969年7月5日，内蒙古呼伦贝尔盟（突泉县、科尔沁右翼前旗、莫力达瓦达斡尔族自治旗和鄂伦春自治旗除外）变更为黑龙江呼伦贝尔盟，莫力达瓦达斡尔族自治旗和鄂伦春自治旗参与组建大兴安岭地区，突泉县、科尔沁右翼前旗和哲里木盟划归吉林省；昭乌达盟划归辽宁省；巴彦淖尔盟的阿拉善左旗和阿拉善右旗的巴彦诺尔、乌力吉、塔木素、阿拉滕敖包、笋布尔等公社划归宁夏回族自治区；巴彦淖尔盟阿拉善右旗其余部分和额济纳旗划归甘肃省。
1979年5月30日，将黑龙江省的呼伦贝尔盟和大兴安岭地区的鄂伦春自治旗、莫力达瓦达斡尔族自治旗，将吉林省的哲里木盟和白城地区的突泉县、科尔沁右翼前旗，辽宁省的昭乌达盟，宁夏回族自治区的阿拉善左旗，甘肃省的阿拉善右旗、额济纳旗，从1979年7月1日起划归内蒙古自治区。