1.危险问题
在电子支付过程中，资金会留在第三方支付服务企业中，出现所谓的资金沉淀，如果缺乏有效的流动性管理，会有资金安全和支付的风险。同时，第三方支付机构开设支付结算账户，先收到买方的钱，再支付给卖方，这实际上突破了现有许多特许经营商的限制，它们可以为非法转账资金和现金提供便利，从而形成潜在的金融风险。(大卫亚设)。
2.电子支付业务资格的认识、保护和发展
第三方支付结算是支付清算机构提供的非银行类金融业务，银行以执照的形式提高门槛。所以。对于从事金融业务的第三方支付公司来说，面临的挑战不仅是如何获得利润，还包括能否获得即将颁发的第三方支付业务执照。
3.工作问题
支付服务客观上提供金融业务扩展和金融增值服务，因此业务范围必须明确、果断地推进创新。到目前为止，全球拥有手机的人比拥有电脑的人多，与单纯的在线支付相比，移动支付领域将取得更大的成就。因此，第三方支付能否趁此机会改善自己的业务模式，将决定第三方支付最终能否摆脱困境、发展。
4.恶性竞争问题
电子支付行业存在恶意竞争问题，这些问题会损害支付服务，甚至对电子商务行业的发展产生负面影响。国内专业电子支付公司已超过40家，多数支付公司和银行之间采用纯技术网关接入服务，这种支付网关模式很容易导致市场严重同质化，引发了支付公司之间激烈的价格战。这导致了该行业“利润削减比市场增长快”的直接后果。在中国，惯常的价格营销战略使电子支付行业吞下了利润减少的苦味。
5.法律法规支持问题
在保护电子商务交易的同时，从支付认证、支付标准和交易公开性的角度来看，中国必须考虑工商管理、税收管理和政府的产业管理的技术和政策准备。如何规范电子支付业务，防范支付风险，保障资金安全，保护广大商家和用户对电子支付活动的合法权益，已经成为影响中国电子支付产业健康发展的重要问题。《支付清算组织管理办法》和《电子支付指引（第二号）》法规的颁布将在一定程度上解决这个问题。
所以选择对的第三支付公司很重要。