数百年来，《西游记》到底再版了多少次，不好考证，各种版本除了章节多寡外，有些在内容上也发生了质的改变。比如《西游记》第二十三回，观音菩萨、文殊菩萨、黎山老母、南海菩萨四个变化成一个寡妇带着三个妙龄少女，要招唐僧师徒为婿。一种版本说，观音菩萨这样做，是为了考验唐僧师徒西天取经的心真不真。另一种版本说，观音菩萨这样做，是为了提醒唐僧师徒，西天之路险象环生，到处都是陷阱，千万不要麻痹大意。这种情况，应该是再版时编辑们自作聪明按自己的意思随意修改的。正是因为这种自作聪明，为后世的学者们恢复嘉靖王朝的原貌起到了不小的阻碍作用。
当然，有些版本是因为有人发现了《西游记》的真相，有意进行的修改。下面举两例解析之：
1、《西游记》第六回“大闹天宫”，有的版本说二郎神率领梅山六兄弟出战孙悟空，有的版本说二郎神率领梅山七圣出战孙悟空。这两种说法都是正确的，原因是：明朝将行政机构设为六部：吏部、礼部、兵部、刑部、工部、户部。梅山六兄弟，就是影射六部尚书。除了这六部外，明朝还设了一个与六部同级的行政单位：都察院，这就是“梅山七圣”。不管原著是“梅山六兄弟”还是“梅山七圣”，总有一种说法是后人觉得不贴切而进行的修改，所以，《西游记》的秘密，早就被人看破了，可能是时机不成熟，他们没有公开说出来而已。
2、《西游记》第十六回，老和尚的原型是张璁，他被火烧死时是270岁。明朝的历史是267年，270岁就是影射张璁在明朝算个人物，换个时代屁也不是。而吴承恩离世时，明朝还好好的，他应该不知道明朝的历史是267年。所以，270岁，这应该是后人发现了《西游记》的秘密而作的修改。
《西游记》里面数字很多，各行各业的人都根据自己的理解在研究，如果能统一到研究嘉靖王朝方面上，一定能为彻底解开嘉靖王朝之密提供更多的依据。