古代时，莆田隶属泉州府！南少林遗址就在莆田市区外的西天尾镇。现在已经是通过修复，形成南少林景区。泉州市的那个南少林只是建立于南少林寺古代属于泉州府莆田屯的一个理论，所以修建在现在的泉州市。实际遗址后来才发掘发现在莆田市西天尾镇。南少林寺是一个重要的大寺庙。随着王朝的兴衰成败，有可能毁于战火或者自然破败。而其徒子徒孙因各种原因没办法在原址重建，只能迁址建设。所以也有可能唐的时候建清源山下，宋的时候建在福清，明的时候又重建于莆田，到清的时候又毁于政府的打压，就失去了记录和直系传承。而到现在太平盛世的时候，现代人都能在历史遗留中找到一鳞半爪，就建设起几座南少林来了。
南少林寺可能位于九连山莆田侧，因少林形成于唐，当时莆田为泉州府下辖县，故南少林可称为泉州南少林；北宋后，兴化军成立，南少林称兴化少林；另因福建武学昌盛，南少林居功至伟，故在各地分院无数，以致今日谁才是正宗反而成了误会之源。