蝙蝠是许多病毒的自然宿主，包括埃博拉病毒、马尔堡病毒，狂犬病毒、亨德拉病毒、尼帕病毒等。由于蝙蝠特殊的免疫系统，携带病毒却极少出现病症。在漫长的进化历程中，蝙蝠成为了上百种病毒的自然宿主。对于病毒溯源的研究来说，蝙蝠地位很特殊，是重点的关注对象。
中国国医学科学院病原生物学研究所所长金奇教授还从病毒学角度提出：蝙蝠很可能是2003年SARS和2019年新型冠状病毒肺炎的病毒源头。
中国科研人员发现，蝙蝠体内一个被称为“干扰素基因刺激蛋白-干扰素”的抗病毒免疫通道受到抑制，这使得蝙蝠刚好能够抵御疾病，却不引发强烈的免疫反应。野生蝙蝠可能会携带很多病毒，但是它们都维持在一个较低的水平上。
对云南蝙蝠洞的采样工作随后持续了5年，中国研究人员陆续分离出3株活病毒，得到了共计15株蝙蝠SARS样冠状病毒的全长基因组序列。经对比，蝙蝠洞中发现的SARS样冠状病毒，它们的各个基因和SARS病毒的最高相似度达到97%以上，属高度同源。从遗传学上看，这意味着SARS病毒的最直接祖先来自这些蝙蝠病毒。
图为蝙蝠（野生动物与人类各自有着不同的生活环境，尽可能做到互不干扰，才能相安无事）