皮卡丘兽在与烈雀兽的激战后，灵力受伤严重，无法恢复伤势，叶晓智也因灵力太低无法帮助皮卡丘兽。决定带它赶到附近的常磐城寻求医治，路上遭遇了正在追捕两位嫌犯的君莎一族的君莎小姐，在通过灵兽图鉴证实了自己的身份后，叶晓智与皮卡丘兽被君莎小姐送往 常磐城的灵兽工会。
当灵兽工会的乔伊小姐在处理皮卡丘兽的伤势的时候，叶晓智与南宫大木通过传音阵进行沟通，告诉南宫大木他看到奇怪的灵兽，但南宫大木不太相信他。之后在灵兽工会等待时，叶晓智遇见了跟过来索取灵行车被损坏的赔偿的萧霞。
随后两位嫌犯突袭 灵兽工会并造成灵阵损坏，黑暗灵兽师组织的火箭队三人组先介绍了他们，然后尝试偷取 灵兽工会里所有的 灵兽。
乔伊小姐立即开始通过传送阵将工会的灵兽传送到尼比城的 灵兽工会，而叶晓智和小萧霞尝试和火箭宗对战。
经过艰苦的战斗。皮卡丘兽和叶晓智的合力使用使出了极度危险的合体灵技———诛灭雷击，成功击败火箭宗但同时也破坏了灵兽工会。
火箭宗的三人组认为皮卡丘兽是十分稀有的变异灵兽，决定跟着叶晓智，偷他的皮卡丘兽。萧霞也决定跟着叶晓智，直到叶晓智赔偿她的灵行车。之后一行人决定穿过常磐城的秘境常磐森林前往尼比城。
灵兽工会：灵兽联盟在各大城市所修建，是为形形色色的灵兽师提供集恢复灵兽、住宿和对战场地为主的服务点。同时是灵兽师在此能够分享灵兽讯息。
主角属性：
姓名：叶晓智
年龄：10
资质：优
职业：灵兽师（未入境）
功法：灵兽入门心法（入门）
被动技能：职业：身强体壮 伤害减免 濒死回复 死亡免疫 （入门 ）
自身：热血（圆满）力大无穷（圆满）
主动技能：激励，合体灵技———诛灭雷击
特殊技能：天命之子
拥有灵兽：皮卡丘兽（雷）