1992年1月，党中央作出实施我国载人航天工程的决策之后，为这个举世瞩目的“中国第一船”取什么名称，备受国人和世界关注。
1993年，当时的载人航天工程办公室向参加飞船研制的各单位发出了“为中国飞船征集名称”的通知。很快，“华夏”“九州”“腾龙”“神舟”等众多带有中国特色的名称被推荐出来，送到载人航天办公室。经慎重考虑，载人航天办公室建议用“神舟”为我国飞船命名。
从字面上看，“神舟”意为“神奇的天河之舟”，又是“神州”的谐音，象征着飞船研制得到了全国人民的支持，是四面八方、各行各业大协作的产物；同时，“神舟”又有神气、神采飞扬之意，预示着整个中华民族都将为飞船的诞生而无比骄傲与自豪。
1994年初，“神舟”这个名字最终从众多的方案中脱颖而出。从此，中国自主制造的载人飞船有了名字——“神舟”。
随着1999年11月20日神舟一号腾飞上天，“神舟”这一承载着中华民族千年飞天梦的光辉名字，从此传遍神州大地。