在上海证券交易所上市的股票，是不能在深圳证券交易所进行交易的，反之也是一样，而且买卖时候的成本和规则也略有不同。其最主要的区别就是交易品种的不同和托管券商的不同。
一、交易品种的不同
在上海证券交易所上市的公司，一般都是一些大型公司，也就是我们常说的大盘股，而在深圳证券交易所上市的公司则大多是中小型公司，更加侧重于创新，其中包含的中小板指的就是中小型企业。
二、托管券商的不同
上交所只能是托管一家券商，但是深交所则可以托管多家券商，现在上交所的托管制度是与指定交易相联系的，我们买卖上交所的股票，办理的指定交易一旦确认之后，与指定交易券商的托管关系也就建立了。而没有办理指定交易的证券，则暂时是有中国结算上海分公司进行托管，红利和股息也都是在办理指定交易之后才能领取。沃恩必须在某个券商营业部开了证券账户的指定交易之后，才能进行股票买卖。如果要换券商营业部，那就必须在原来的营业部申请办理撤销指定交易，然后再到新的券商营业部去办理指定交易。所谓的指定交易，指的就是我们和券商营业部签订协议之后，指定这个机构是自己买卖股票的唯一交易点。
而深交所的交易证券托管制度，在我们选定了证券经营机构买入股票之后，与其就建立了托管的关系。深交所的制度是自动托管，随处买卖，转托不限。我们可以将托管在一个证券营业部，也可以随时转移到另外一个营业部去托管，这就是证券转托管。