1955年3月，中央在北京召开了中国共产党全国代表会议，上海方面派出了以陈毅为团长，副市长潘汉年等人的代表团，前往北京参加会议，让人想不到的是，在这次会议时，上海副市长潘汉年因隐瞒历史问题，被秘密逮捕。
潘汉年是我军史上，最为优秀的隐蔽战线领导人之一，在许多重大关头，都有他的身影出现，1933年，他曾作为中共苏维埃政府代表与福建十九路军签署了《反日反蒋的初步协定》，西安事变时，潘汉年曾前往北京，上海等地，为和平解决西安事变付出了贡献，抗战时期，他作为隐蔽战线的领导人，获取了大量重要情报，为党组织服务。
解放后期，他又按照组织的安排，秘密护送了一些民主人士和无党派人士前往北京参加政协会议，1949年，他再次领导了中国航空公司和中央航空公司起义，新中国成立后，他被任命为上海副市长，市委社会部部长等职。
1955年，在全国共产党代表会议上，有一个议程，就是关于“高岗、饶漱石的问题”作为长期在饶漱石手下工作的人，潘汉年在会上没有发言，但是在会后，他写成材料，交代了自己的问题，总的来说，他是没有问题的，在这份材料上，潘汉年说出了另外一个秘密。
潘汉年曾在1943年时，被日伪特务李士群要挟，在南京见了汉奸头子汪精卫，两人还密谈一番，这个事情被潘汉年隐瞒下来，没向组织汇报，直到这次会议，潘汉年将此事写在了材料上。
陈毅拿到材料后，觉得此事非同小可，立刻将材料交给毛主席，毛主席看后说“此人不可再信用”，随后，他将公安部部长罗瑞卿叫来，将潘汉年秘密逮捕。
潘汉年秘密逮捕后，直接被送入了功德林监狱。
功德林监狱是原是一座庙宇，1915年改名为“京师第二监狱”此后，这里便成为了一个关押重要犯人的地方，新中国成立后，功德林监狱被公安部接手，关押的都是国民党那些军政要人，譬如杜聿明，王耀武等人。
潘汉年4月3日被秘密逮捕，当年，他就被送到了功德林监狱，由一名23岁的监守员看管，此人叫何殿奎，何殿奎10多岁到延安，20岁入了党，算是政治家庭很清白的人群，上面也将这个任务交给他。
当时潘汉年来到后，何殿奎不知道他是什么人物，只知道，潘汉年是功德林监狱里，最为特殊的一位，因为整个监区，就关押了他一个人，除此之外，看守他的部队并不是监狱的人，而是专门从北京摩托连里调来的一个排。
在功德林，潘汉年呆了5年，1960年，他被遣送到秦城监狱，1963年，最高人民法院以“内奸罪”判处他有期徒刑15年，不久，他以“刑释管制分子”的身份，被安排到北京市南郊大兴县境内的团河农场工作，他也得以和妻子董慧相聚。
在农场，潘汉年虽然算是犯罪人员，但是他的生活基本是得到保障的，可是在文革中，他再次入狱，这一次，潘汉年的待遇便不一样了，后来有人上书毛主席说，秦城监狱待遇不好，毛主席批示由总理安排，在总理的安排下，监狱生活才算是好了很多。
1975年，潘汉年被安排到湖南茶陵县洣江茶场，在那里，他度过了自己人生最后的日子，于1977年含冤去世。
文革后，中纪委第一书记陈云，第一个提出对潘汉年案的质疑，在他的努力下，潘汉年案子被查清，属于冤案，1982年，潘汉年被平反昭雪，
如今，历史已经定论：潘汉年同志是坚定的马克思主义者，卓越的无产阶级革命战士，久经考验的优秀共产党员，党的统一战线的卓越领导人。