1、伊犁，读yīlí，犁读二声，而不是四声
2、龟兹读作 qīu cí
很多不了解新疆历史的人容易读成是：guī zī。龟兹是古代西域国名,在今新疆库车一带。
3、巴音郭楞蒙的“楞”
巴音郭楞（léng，二声）被误读成愣(lèng)，巴音郭楞蒙古自治州是中国面积最大的地级行政区，有华夏第一州之称。
4、莎车
是新疆喀什地区的一个县，也是新疆总人口最多的县。叶城县、莎车县古时曾经为莎车王国，汉族人在注音时往往是音译，但当地的维吾尔老人以及当地一些研究突厥语的文献专家说，他们以前读为莎sūo车（一声）。后来文字改革统一后，就一致要求读为莎shā车，连政府也不例外。现在统一读作shāchē。
5、哈密（市）
“哈”读 hā，一声，不读三声，新疆人常读三声。“哈密”一名有多种解释，如“太阳”（古突厥语）、“大门”（维吾尔语）、“沙子”（维吾尔语）等。
6、伊吾（县）
“吾”读 wú（二声），不读wū（一声）。伊吾县位新疆东部东天山北麓，为蒙古语“旋风”之意，因其地处蒙古高原向天山山脉过渡的戈壁地带，常有旋风刮起而得名。
7、鄯善（县）
“鄯”读shàn（四声），不读三声。西汉时有鄯善国（古楼兰国更名），属当今若羌县罗布泊、罗布荒漠及米兰镇（兵团36团团部）、若羌镇、瓦石峡乡一带，其国都为今若羌县且尔乞都克古城遗址。今鄯善县在吐鲁番盆地东部，为清朝设县时以古鄯善国名为县名。
8、托克逊（县）
“逊”读xùn（四声），不读sūn（一声）。新疆人常读为sun，一声或四声。托克逊县在吐鲁番盆地西端，“托克逊”为古突厥语Tokhsun 的汉译，意为“九乘十”即“九十”之意。
9、车师（族、丝路古道）
“车”读 jū（一声），不读chē（一声）。“车师”为我国西北地区古老的民族。西汉前西域有车师前国（王治交河，即今吐鲁番市交河故城遗址），国人为突厥部车师族（后称高车族），北凉时有麴伯雅建立的高昌王国（后传麴文泰），公元640年，唐平定依附于西突厥的麴氏高昌国。后人称其国王麴伯雅、麴文泰为“麴氏”，再演化为“车师”。
10、准噶尔（盆地）
“噶”读 gá（二声），不读 gé（二声）。“准噶尔”为额鲁特蒙古四部落之一部，蒙古语意不详。百分之九十的疆外省份的人都把“噶”字读成“格”音，新疆人也有很多人搞不清楚。其实内蒙古已经有一个“准格尔旗”了，两者是完全不同的含义。
11、阜康（市）
“阜”读 fù（四声），不读三声。阜康市为昌吉回族自治州下辖市，1776年设县，县名为清乾隆帝赐，意为“物阜民康”。
12、喀纳斯（湖）
应读 kā nà sī，“ka”读一声，不读 hǎ nà sī，“ha”一声或三声。“喀纳斯”为蒙古语“陡峭”，因该湖、河位于哈萨克族聚居的阿尔泰山中，哈萨克族称其为Kanas（操突厥语系的民族无“h”音）。
13、焉耆（回族自治县）
“耆”读qí（二声），不读jī（一声）。新疆人常读jī。西汉时有焉耆国，国名为古吐火罗语，意为“火’。1913年设县，今属巴音郭楞蒙古自治州辖。今维吾尔族称“焉耆”为“喀喇沙尔”，意为“黑城”或“（宗教）圣城”，因“喀喇”在突厥语中为“大”、“伟大”之意（如喀喇昆仑山，意为“伟大”、“神圣”的昆仑山，但不可译为“黑色”的昆仑山）。
14、尉犁（县）
“尉”读yù（四声），不读wèi（四声）。尉犁县为巴音郭楞蒙古自治州辖县。西汉时有尉犁国，国名无考，有人认为是古印度语或源于古于阗国尉迟姓氏。今维吾尔族称尉犁县为“罗布淖尔”，“罗布淖尔”为蒙古语，因其境塔里木河注入罗布泊且其境居民（维吾尔族罗布人的先民）多为因罗布泊干涸而沿塔里木河适徙来此，故后人称其为“罗布淖尔（人）”。
15、且末（县）
“且”读jū（一声），不读qíe（二声或四声）。但是现在已经习惯读作“qiemo”，大家也认同了这种读法，所以也是正确的。巴音郭楞蒙古自治州辖县。其境西汉有且未、小宛国。《大唐西域记》称其为“沮未”，又曰其名“折摩驮那”，学者解释为“沙城”今维吾尔族其为“车尔臣”，语意不详。
16、喀什（地区、市）
“喀”读kā（一声），不读 hǎ（三声）。新疆人常读hǎ，三声。突厥语系的民族无“h”音。西汉时有疏勒国，清朝有疏勒县，1954年从疏勒县分设喀什市。维吾尔族称喀什为“喀什噶尔”。“喀什噶尔”有多种解释，一为“各色砖房”（古突厥语），二为“玉石集散地”（古吐蕃语）。