海龟的平仓分两种
开仓后价格反向波动达到2ATR平仓反向突破n个K线最低点/最高点平多仓/空仓双均线的平仓只有一种
短期均线向下/向上交叉长期均线，平多单/空单，同时开空单/多单海龟的平仓有两种，满足两者之一的条件就触发平仓。平仓之后等待新的开仓信号可以再次开仓。双均线属于永远在市系统，只有均线交叉信号出现时进行操作——平掉原有仓位，开方向相反的新仓位。
两个系统的平仓截然不同。
首先两个系统的平仓都符合“截断亏损，让利润奔跑“的特点。如果价格始终朝一个方向运动，两个系统都可以获得最大的浮盈。与此相伴的，两个系统在最终平仓前，都需要经历一段浮盈的回撤。这是所有趋势追踪交易系统的共同特征。
不同的是，海龟在进场后可以确定这笔交易最大的亏损（不考虑跳空滑点），而双均线无法确定单笔交易的止损幅度。由于开仓信号的唯一性，以及系统需要的完备性，双均线不能在亏损达到一定数值之后主动平仓。因为这个操作可能会导致止损后单边趋势行情启动无法入场的问题。
下图是棕榈油2005合约2019年9月到2020年2月的日K线图。假设双均线采用5/20的参数，海龟使用N=20，n=10的参数。双均线2019年10月21日出现开仓信号（斜红箭头），2020年1月17日出现平仓信号（斜蓝箭头）并开始做空。而海龟从10月24日开始，有多达至少14次的开仓信号（直红箭头），最终在1月14日出现平仓信号（直蓝箭头）。1月21日出现空单开仓信号（第二个直蓝箭头）。
海龟和双均线平仓信号出现的时间顺序不确定，跟系统参数以及市场走势相关。海龟通常选择在盘中即时价执行平仓信号，双均线需要收盘价执行平仓信号（以及新的开仓信号）。
海龟和双均线开仓信号与平仓信号的对比总结如下：
海龟和双均线开仓信号与平仓信号对比