很久很久以前，存在着六个奇点。大爆炸形成宇宙后，奇点碎片熔铸成六个结晶体，也就是六颗无限宝石。他们各自控制着宇宙本源属性的最高规律。但因为大爆炸威力巨大，导致宝石流落宇宙各处，掀起无数争端。
创世之初光明之前，无尽的黑暗之中诞生黑暗精灵。它们首先找到了现实宝石“以太粒子”；
数百万年前，天外陨石撞上了地球非洲中部，其中包含高能振金矿藏，改变了附近的地貌，从此诞生了地球的世外桃源瓦坎达部落。
数千年前，神域之王波尔击败黑暗精灵没收了现实宝石，并将其封印。随后其子奥丁继位，并以其女死亡女神海拉为先锋征服九界，从尼达维打造了永恒之枪和雷神之锤以及右手的无限手套，用来应对预言中的神域末日——诸神黄昏。
在征服九界、收集无限宝石的征途中，虽然奥丁得到了空间宝石“宇宙魔方”，但奥丁发现需要牺牲挚爱作为代价才可换来灵魂宝石，于是决定放弃收集。之后不久他不再执意征服九界，准备安心做阿斯加德的王。但海拉野心不改，反而攻击阿斯加德。女武神们为打败她全军覆没，而奥丁用空间宝石将海拉打入地狱囚禁，并用奥丁之力封印。
与此同时奥丁打败入侵地球的冰霜巨人一族，没收极寒冰棺收养洛基·劳菲森与索尔一同成长，并将空间宝石留在了地球。
至少500年前，古一法师出生于喜马拉雅山脉十分隐秘的卡玛泰姬村，并发现了魔法的秘密，很快成为了了不起的巫师。经常探索世界和魔法力量，也曾遨游宇宙和多元空间的古一法师，从永恒大神处得到了时间宝石“阿戈摩托之眼”。
频繁的历险后，古一变得非常强大，庇护喜马拉雅一带，和僧侣们共同修行。世界上的诸多巫师对战，古一参战并最终获胜，从此赢得了至尊魔法师的尊号。
至此，无限宝石已有四颗现世……
1942年
九头蛇组织在挪威一座教堂内，找到了空间宝石“宇宙魔方”。其首领红骷髅开始研究宇宙力量。
1943年
神盾局创始人之一，霍华德·斯塔克参加世博会；同年来自美国纽约布鲁克林区的小个子史蒂夫·罗杰斯，通过注射超级血清，成为超级士兵美国队长，并从斯塔克手中得到振金盾牌。
1944年
巴基在执行任务过程中途坠崖失踪（后被苏联改造成冬日战士并洗脑）。
1945年
美国队长战胜红骷髅，红骷髅被空间宝石传送至宇宙某星守护灵魂宝石；空间宝石坠入深海，后被霍华德·斯塔克寻回并研究。而美国队长因坠机失踪，冰封北极沉睡近70年。
1980年
星爵奎尔的父亲，天神族伊戈来到地球遇到星爵母亲，怀下星爵后，伊戈不辞而别。
1987年
初代蚁人皮姆博士与妻子初代黄蜂女拦截导弹，黄蜂女进入亚原子状态，进入到量子领域失踪。
1988年
伊戈令星爵母亲罹患脑癌离世，并委派破坏者勇度一伙将星爵带离地球，但勇度并没有将星爵交给伊戈，反而把他留在自己身边，星爵因此过上了星际漂流的生活，长大后自称星爵。
同年，惊奇队长罗尔·丹弗斯，驾驶一架装有由空间宝石“宇宙魔方”开发的“光速引擎”飞机，在试飞途中不幸被克里人罗格队长带领的小队击中坠毁，飞机爆炸，惊奇队长却因此意外拥有了超人之力。昏迷后她被送至克里星抹去地球记忆，成为克里星女战士。
1989年
初代蚁人汉克皮姆退出神盾局。
1991年
霍华德·斯塔克与妻子被冬日战士巴基制造车祸暗杀。
1992年
21岁的托尼·斯塔克继承斯塔克工业，并在之后将其发展成了美国第一军工企业。
探险家尤利西斯·克劳发现了瓦坎达国，他在1992年秘密进入瓦坎达盗取了一部分振金矿石。
同年瓦坎达国王特查卡在奥克兰公寓里杀死了自己的亲弟弟。
1995年
吸收空间宝石力量、被克里人洗脑并栽培的惊奇队长，因一次战斗意外，坠落到了自己的母星——地球，并遇到了身为神盾局特工的尼克·弗瑞、以及小跟班菲尔·科尔森。他们被卷入了克里人和斯库鲁人之间的战斗，意外找到了藏在斯库鲁飞船上的空间宝石“宇宙魔方”。
最终克里人指控者罗南被惊奇队长吓跑，惊奇队长带着斯库鲁人离开地球。临走前交给尼克弗瑞一个改装过的BP机，作为紧急联络工具。
而尼克·弗瑞意识到了来自地球之外的危机，决定成立一个保护地球的组织；受到惊奇队长照片的启发，将它命名为复仇者联盟。同时空间宝石“宇宙魔方”重新回到了神盾局手中，
2003年
布鲁斯·班纳博士在美国陆军前陆军中尉罗斯将军主持的“超级士兵再造计划”科研事故中，因意外被伽马射线辐射变成绿巨人。从此班纳博士隐姓埋名四处逃亡。
2010年
托尼·斯塔克在恐怖分子追捕中受伤，在山洞中造出第一代钢铁盔甲。后回到美国，藉由助理佩佩·波兹“小辣椒”及值得信任的战争机器罗德上校的鼎力相助，先后揭发了一个全球性的恐怖破坏计划，并击败了隐藏在身边的敌人奥巴代·斯坦，并对外宣称自己是钢铁侠。
之后，尼克·弗瑞说服钢铁侠加入复仇者。
2011年
钢铁侠托尼把公司管理权交给小辣椒，黑寡妇卧底斯塔克公司。钢铁侠发现自己钯中毒后大肆放纵，并与罗德发生矛盾。之后经由福瑞局长给他的文件的启发，合成了新元素，治好了自己。之后在世博会上与战争机器罗德一同击败了安东·万科的儿子伊万·万科。
罗斯将军追捕班纳博士，班纳在卡尔弗大学变身浩克，与罗斯将军的军队大战，后带着女友贝蒂离开。之后浩克在纽约与反派憎恶大战。憎恶被打败，并被罗斯将军带走，班纳博士则下落不明。
之后，托尼·斯塔克与罗斯将军会面。（标志漫威宇宙启动的经典彩蛋）
来自仙宫阿斯加德的奥丁之子，索尔·奥丁森，因自己的狂妄自大被贬至凡间（地球），简·福斯特与她的科研小组在新墨西哥州发现了被贬为凡人的雷神，而雷神之锤被神盾局发现并研究。
而雷神弟弟洛基，在得知身世后，反叛奥丁，勾结冰霜巨人首领，派遣“战争机器人”毁灭者前去地球，企图杀死索尔。雷神与同伴在地球打败了追击而来的毁灭者，抓捕洛基；之后洛基再次反目，救下奥丁，杀死冰霜巨人首领，并打算用彩虹桥的力量摧毁阿斯加德。但雷神破坏了彩虹桥，洛基失败后自愿掉入宇宙深渊。
2011年
一只石油勘测队在北极圈内发现了美国队长及其飞船，美队复苏，并回到纽约。
2012年
灭霸给予洛基镶有心灵宝石的权杖和外星人军队，洛基成功从神盾局获得并激活了空间宝石“宇宙魔方”，为外星军队打开传送门。尼克领导美国队长，钢铁侠，雷神，绿巨人，鹰眼以及黑寡妇组成的初代复仇者联盟，在纽约与外星军队激战，成功阻止了外星入侵。
战斗中神盾局探员菲尔·科尔森牺牲，托尔带着宇宙魔方，押送洛基返回仙宫，镶有心灵宝石的权杖则归属了神盾局。
同年，托尼·斯塔克因纽约事件倍感困扰，与女友小辣椒感情发生危机。身边的人接连遭受不幸，钢铁侠进行了深刻的反思。好在最终成功破坏了科学家阿尔德里奇·基连的终极生物研究，并通过手术取掉胸口的方舟反应炉。
2013年
雷神的地球女友简意外来到世界相交的缝隙，被现实宝石“以太粒子”进入身体。而黑暗精灵时隔5000年复活，夺取现实宝石，意图攻打阿斯加德，欲一统九界。雷神在洛基协助下进行反击，最后在地球大胜黑暗精灵，并将现实宝石“以太粒子”交给宇宙收藏家保存。
2014年
华盛顿特区，神盾局被隐忍七十年的九头蛇侵蚀，企图利用三架三艘航空母舰升空利用武器进行远距离射杀全世界潜在的对手。而美国队长好友巴基也被洗脑成为冬兵。
紧急关头，猎鹰山姆威尔逊前来协助美国队长，并与黑寡妇、神盾局众人击溃九头蛇；逃过一劫的尼克弗瑞，在众人建议下解体神盾局，同时神盾局许多机密文件被以加密方式展现出来；巴基失踪，去寻找自己的记忆。美国队长开始寻找巴基。而镶有心灵宝石的权杖则落入九头蛇手中，他们用镶有心灵宝石的权杖控制并加强了改造人兄妹——快银，以及绯红女巫。
同年，星爵因偷取力量宝石“宇宙灵球”和灭霸之女卡魔拉、火箭浣熊、毁灭者德拉克斯以及树人格鲁特相遇，组成银河护卫队，利用力量宝石毁灭了企图消灭山达尔文明的指控者罗南，并将力量宝石“宇宙灵球”交给山达尔星的新星部队。
几个月后，他们又遇到计划征服宇宙的星爵生父伊戈；螳螂女与卡魔拉妹妹星云、破坏者勇度一起加入银河护卫队，摧毁了伊戈。而勇度为救星爵牺牲，银河护卫队及破坏者全体成员向其致敬送别。
2015年
托尼·斯塔克联同布鲁斯·班纳一同解开镶有心灵宝石权杖中的秘密，希望实现托尼的“奥创”全球防卫计划，但不料奥创却产生自体意识，倒戈企图清洗全人类。
改造人兄妹快银和绯红女巫也成为奥创的帮手，四处制造麻烦。奥创前往非洲，找到尤利西斯·克劳，购买振金的矿藏，但也切断了尤利西斯的半只胳膊；后奥创遇到前来阻止的复仇者们，双方进行激烈战斗。绯红女巫制造幻象迷惑了众将，雷神看到“诸神黄昏”，而绿巨人更是直接暴走，靠着钢铁侠的反浩克装甲才阻止了进一步的破坏。
后来，利用心灵宝石被奥创所创造出来的新英雄幻视，以及快银和绯红女巫加入复仇者，共同对抗奥创。奥创将整个索科维亚城市升空并加速撞击地球，意图达到陨石效果。虽然复仇者们成功阻止城市下坠，并彻底消灭奥创，但此次事件所造成的城市破坏和人员伤亡都是前两次无法相比的，而快银在事件中牺牲。
激战结束后，浩克乘坐昆式战斗机离去，选择隐居（飞船飞到萨卡星，浩克完全战胜了班纳的意志，成为萨卡星角斗士）；鹰眼回归家庭生活，退出复仇者联盟；钢铁侠将复仇者联盟交给美国队长，选择隐退；雷神托尔看见诸神黄昏，离开地球，回归仙宫，心灵宝石被镶嵌在幻视的额头。
美国队长成立新复仇者联盟，成员有黑寡妇、战争机器、猎鹰、幻视、绯红女巫。
而此时，远在旧金山，职业盗贼斯科特·朗无意之间，被汉克·皮姆选中，赐予他可以使身体改变大小的蚁人战服，成功挫败了九头蛇企图收买“皮姆粒子”作乱的阴谋。他打败了穿着黄色战衣的达伦·克罗斯，成为新一代蚁人，并被美国队长、猎鹰等人关注。
2016年
“内战”爆发前6个月，纽约皇后区少年彼得帕克，被蜘蛛咬伤，意外获得超能力。他称自己为蜘蛛侠，他的事迹也开始在纽约市流传开来。
另一方面由于索科威亚事件对世界的巨大影响，各国家政府对复仇者联盟这一组织感到恐慌，要求所有成员签订索科威亚协议，限制他们的行动。美国队长表示反对。同时，美国队长二战时期情人、神盾局创始人之一的佩吉·卡特离世。
在索科威亚失去亲人的佣兵泽莫，解开了神盾局某份加密文件，发现了冬日战士巴基是1991年斯塔克夫妇车祸的元凶，决定以此来离间美国队长与钢铁侠去分裂复仇者联盟，完成自己的复仇。
泽莫从隐藏的九头蛇残党家中，找到控制冬日战士的口令簿，接着引爆联合国会场，将其栽赃给巴基，让巴基成为全世界通缉逃犯。而此次爆炸也将瓦坎达国王炸死，其子特查卡化悲痛为力量，以新任黑豹的身份参加战斗。
巴基被捕之后，泽莫又伪装成医生与巴基接触，操纵其暴走并获得前苏联秘密基地位置。美国队长与猎鹰阻止了暴走的巴基，并被告知还有一众比自己还强的士兵在秘密基地等待被唤醒，美国队长决定集结一众英雄前往阻止。
结果，以钢铁侠为首，战争机器、幻视、以及蜘蛛侠、黑豹组成的协议赞成派，与以美国队长为首，冬日战士、绯红女巫、鹰眼、蚁人组成的反对派，在德国某机场大打出手。最终除美国队长与冬日战士突出重围去往西伯利亚，反对派其他成员悉数被捕，并被关押在海底监狱；而赞成派战争机器罗德上校受重伤险些瘫痪。
钢铁侠后发现泽莫阴谋，追至秘密基地准备协助美国队长，不料这都是泽莫设下的圈套；钢铁侠得知冬日战士是杀掉自己父母的凶手，执意报仇，断掉了冬日战士金属手臂；美国队长为了保护兄弟，与钢铁侠大打出手，双方险些丧命。最后二人决裂，美国队长把振金盾牌还给了斯塔克，带走了冬日战士（被带至瓦坎达休眠），同时救出了关押在海底监狱的反对派盟友，之后销声匿迹。
回到美国的蜘蛛侠彼得帕克，依然试图在一名普通高中生和打击犯罪的超级英雄蜘蛛侠的身份间保持平衡，但反派秃鹫的崛起让他面临新的威胁。钢铁侠作为蜘蛛侠的导师再次出现，作为引导他踏上英雄之路的关键人物，确保蜘蛛侠在未来有资格成为复仇者联盟的一分子。最终秃鹫被打败，小蜘蛛逐渐成熟，成为真正的蜘蛛侠。
除此之外，神经外科手术专家史蒂芬·斯特兰奇事业有成。但在遭遇一次车祸后，双手再也无法握住手术刀，不能继续他的医生职业。为了治疗自己的伤，他远赴尼泊尔遇到了莫度男爵，在莫度男爵推荐下他得到古一法师帮助，成为其弟子。
后古一法师在与学生卡西利亚斯战斗中意外“身亡”，史蒂芬继承时间宝石“阿戈摩托之眼”，化身奇异博士，手持时间宝石与其副手王在香港与多玛姆一决高下，拯救了即将崩塌的多维世界。之后奇异博士继续研习他的魔法，并保护时间宝石“阿戈摩托之眼”。
2017年
黑豹偶然得知宿敌尤利西斯·克劳的下落，并发现其背后主使是自己的堂弟金钱豹，他企图夺取王位。
历史上，由于振金的存在，也让瓦坎达的科技比世界其他地方要更为先进，瓦坎达的管理者看到世界长期处在混乱之中，于是便把自己国家真正的高科技世界隐藏起来，不让世人知道。这成为整个事件的导火索。
金钱豹手提克劳的头颅，成功进入瓦坎达并夺得王位；意图将瓦坎达的武器出售给极端黑人朋友，壮大力量；而失去王位的黑豹经历磨难，重新夺回王位，并以此为启发，决定将瓦坎达国家的科技与全世界分享。同时，黑豹唤醒了冬日战士巴基。
自从雷神托尔在索科威亚被绯红女巫“施法”看到“诸神黄昏”后，生怕幻象变成现实，在宇宙各地寻找潜在危机并消灭。
解决掉火神苏尔特的索尔，回到阿斯加德，发现父亲奥丁被弟弟洛基流放到地球。兄弟二人通过奇异博士找到父亲奥丁，可奥丁说出其女海拉的事之后就随风消散。死亡女神海拉随之而来，她单手捏爆了雷神之锤。之后回到阿斯加德大开杀戒；雷神兄弟二人则意外来到萨卡星，遇到了变身绿巨人浩克的班纳，以及曾经对抗海拉的女武神瓦尔基。
几人重回阿斯加德，大战海拉，最终雷神引燃苏尔特头颅，海拉战败，仙宫阿斯加德遭遇“诸神黄昏”，洛基从阿斯加德带出了空间宝石“宇宙魔方”，索尔一行人带领阿斯加德人民前往地球。
不料途中遇到刚刚血洗山达尔星、得到力量宝石“宇宙灵球”的灭霸，和他的“米兰号”飞船……
另外一边，蚁人因参与德国飞机场“内战”被禁足在家，因他曾偶然进入量子空间，皮姆博士认为存在找回初代黄蜂女的可能性，所以一直研究进入量子领域的方法。最终，蚁人成功进入量子空间救出初代黄蜂女；而皮姆博士的女儿则成为二代黄蜂女。
回到宇宙。灭霸一行人登上雷神飞船，几近将雷神一行全灭。雷神被乌木喉牢牢锁住身子；浩克的重拳在灭霸身上也毫无作用，在即将被杀之时，被阿斯加德彩虹桥守护者海姆达尔传送回地球报信；洛基暗杀灭霸计谋被拆穿，不仅为灭霸送上空间宝石“宇宙魔方”，还丢掉了自己的性命。雷神眼睁睁看着这一切发生，但无法还击。随后灭霸扬长而去，留下雷神在太空中昏迷漂流。
被传送回纽约的浩克变回班纳，遇到奇异博士及钢铁侠；灭霸下属乌木喉和黑矮星紧随其后出现，前来夺取时间宝石“阿戈摩托之眼”。众将奋力保护，但奇异博士仍然被乌木喉带走。钢铁侠及随后赶到的蜘蛛侠潜入乌木喉飞船，救出奇异博士，杀死乌木喉。三人随飞船飞向灭霸母星。
地球的另一端，灭霸下属亡刃将军和暗夜比邻星前来争夺幻视额头上的心灵宝石。绯红女巫和幻视陷入苦战。关键时刻美国队长、黑寡妇与猎鹰赶到，救下二人。随后他们前往复仇者联盟基地，找到战争机器罗德上校以及班纳博士，众人商量决定前往瓦坎达为幻视疗伤，并将心灵宝石合理处置。
在太空漂流的昏迷雷神，被银河护卫队碰到。得知灭霸已经开始行动，几人决定分成两队，雷神、火箭浣熊和树人格鲁特前去雷神之锤的锻造地尼达维，寻找矮人族为其打造新的武器，对抗灭霸；剩下的星爵等人前去寻找收藏家，保护现实宝石“以太粒子”。
没想到现实宝石“以太粒子”早已是灭霸的囊中之物，前去保护宝石的小分队，不仅没能保护宝石，其成员、灭霸养女卡魔拉还被灭霸带走。星爵等人决定直接前往灭霸母星救出卡魔拉。
带着卡魔拉回到飞船的灭霸，要卡魔拉说出灵魂宝石的位置，来换取妹妹星云的性命。之后灭霸带着卡魔拉顺利来到灵魂宝石所在地，并遇到红骷髅。表示必须要用挚爱来换取灵魂宝石。灭霸将挚爱养女卡魔拉推下山崖，卡魔拉死去，灭霸得到灵魂宝石。
此时灭霸已经先后拥有力量宝石，空间宝石，现实宝石以及灵魂宝石。
失去卡魔拉的星爵等人，与钢铁侠、蜘蛛侠、奇异博士汇合灭霸母星，众人商量应对灭霸的办法。奇异博士窥探未来14,000,605次，发现能够制服灭霸的机会仅有一次……
手握四块宝石的灭霸返回母星，遭遇前来抵抗的数位英雄。在众英雄的努力下，灭霸被催眠，无限手套眼看即将被摘下。可这时星爵听闻卡魔拉已死，顿时怒不可遏，直接揍醒了灭霸。一瞬间灭霸扭转战局。钢铁侠极力阻挡，受到重伤。正当灭霸准备杀死钢铁侠时，奇异博士提出用时间宝石“阿戈摩托之眼”换取钢铁侠性命。灭霸同意后，获得时间宝石，随即消失。
地球方面，灭霸剩余三位下属带领异星士兵，强攻瓦坎达。黑豹领衔的瓦坎达军队，以及美国队长、冬日战士、黑寡妇、绯红女巫、穿着反浩克装甲的班纳博士、猎鹰以及战争机器等人，迎战异星军队。
战争异常残酷，而幻视和他额头的心灵宝石，正在被黑豹妹妹苏睿紧急分离中，情况万分危急。忽然雷神、火箭浣熊和树人格鲁特从天而降。获得新武器——风暴之锤的雷神，以一敌百，力挽狂澜。灭霸三位下属均被英雄们消灭。但这时灭霸来到地球，意图夺取最后一块宝石。众将士纷纷出手，但都不是灭霸的对手。绯红女巫含泪摧毁幻视，谁知灭霸利用时间宝石扭转时间，将幻视复原后仍旧杀掉幻视，拿到了心灵宝石。
此时灭霸终于将包括力量宝石，空间宝石，现实宝石，灵魂宝石，时间宝石，心灵宝石在内的六颗宝石全部集齐。
千钧一发之际，雷神挥动风暴之锤向灭霸胸口砸去，灭霸用手套之力抵挡但失败，风暴之锤深深插入灭霸胸口。但灭霸弥留之际，笑着对雷神说应该砍掉自己的头……随后使用镶满宝石的无限手套打出响指……
瞬间，包括超级英雄在内，全世界一半的生命化为灰烬。刚把蚁人送入量子空间的皮姆博士一家瞬间化为灰烬。即将化为灰烬的尼克·弗瑞在最后时刻拿出BP机，呼叫了惊奇队长。
至此，Earth-199999宇宙告一段落。
目前在对抗灭霸的战斗中，三位英雄前期阵亡，分别是洛基、卡魔拉和幻视。
而最后化成灰烬的英雄包括：
蜘蛛侠、黑豹、绯红女巫、猎鹰、冬日战士、奇异博士、星爵、螳螂女、毁灭者德拉克斯、树人格鲁特、初代蚁人及黄蜂女、二代黄蜂女、尼克·弗瑞等
剩余的英雄们，将不惜一切代价，逆转无限……