多囊肾的起病原因多由先天不足，肾气亏虚，脉络失和，气血瘀滞，水蓄于肾所致。
1.先天不足，或脾肾不足，或肝肾亏虚，脉络失和，气血瘀滞，进一步导致病情的加重和疾病的发展。盖肾主水液，脾主运化，肝主疏泄，人体气血运行与水液的调节输布和三脏功能的正常发挥有着密切的联系。
肝、脾、肾三脏功能的失调，势必影响到人体气血的运行、水液代谢的排泄、三焦气化的失司，使气、血、水相互搏结，蓄积于肾，遂成此病。
2.《内经》中有寒邪外侵及内伤郁怒，以致“血气稽留”、“津液涩渗”，着而不去，渐结成积的认识。历代医家宗《内经》之说而有所发展，如《中藏经》认为积聚癥瘕是由于“五脏六腑真气失而邪气并”所致。
《诸病源候论》认为：“积聚者，由阴阳不和脏腑虚弱，受于风邪搏于脏腑之所为也。”《景岳全书》说：“积聚之病，凡饮食、血气风寒之属皆能致之。”大凡积聚之病皆由外感内伤导致脏腑亏虚，气血凝滞而成。
外感内伤、情志抑郁、饮食不节等又可影响脏腑功能，阻碍气血的运行和水液的代谢排泄，而致病变发展，终成顽疾。
因此，本病属本虚标实之证，病位在肾，又与肝、脾、膀胱、三焦气化失常密切相关。人禀天地之气而生，先天阴阳造化之偏异是致病的根本原因。