伊犁，俄语称作固勒扎，是中国的-一个府，下辖与俄属突厥斯坦边界相邻近的北部新疆境内的九个城市。伊犁河谷不仅农业发达，矿藏丰富，而且在战略上有其重要性；它的木扎提山口是通往南疆的要津。取得了伊犁就便于控制整个新疆，因此，西方的军事专家们将伊犁说成是中国突厥斯坦的堡垒。如此重要的地方自然会引起所有强邻的注意。
1851 年，俄国人如愿以偿地缔结了伊犁条约，他们获准可以在伊犁以及蒙古边境上的楚呼楚(塔尔巴哈台)建立领事馆和进行免税贸易。伊犁的商业迅速发展起来，同时俄国人在中亚的不断扩张使他们日益向伊犁逼近。俄国人利用了19世纪60年代在新疆发生的一次回民暴乱，准备进人这一重要地区。
新疆回民之乱的根源在于清帝国地方行政当局的腐败。自1759年乾隆帝征服新疆以后，新疆便像-一个军事殖民地那样由驻在伊犁的将军统辖，辅以一些副将军、皇室代理人以及驻在各重要据点的大约21760名士兵。担任高级文武官员的几乎全是满洲人和旗人，他们通过称之为伯克的当地首领统治老百姓，这些老百姓大都是讲突厥语和缠头的维吾尔族穆斯林。
满洲征服者将这些穆斯林臣民看成是不开化的土著，对他们征收重税，强迫他们交纳贡品以满足自己骄奢淫逸的生活。穆斯林的不满酿成了叛乱，而那些被清帝国驱赶到浩罕去的、原为世袭并被视为神圣不可侵犯的统治者(和卓)则一直热衷于恢复他们失去的地位。
在清帝国征服以前，玛赫杜姆家族的阿法其(白山派)系的和卓们曾一度统治过喀什噶尔(新疆南部)。他们怂恿新疆境内同一宗教的教民发动叛乱，他们自己则组织入侵。在清帝国征服以后的一个世纪，起义和入侵不下12次之多。1864年，当清王朝衰落和中国西北部发生一次回民之乱之际， 新疆境内的穆斯林再度发起了攻击。
清政府的地方当局过分软弱，无力将它镇压下去，而北京的中央政府这时又正全力对付太平军、捻军和其他些叛乱，腾不出手来采取惩罚性的措施。在这动乱之际，浩罕的一个将军阿古柏伯克(1820- 1877年)一于 1865年侵入新疆，经过一系列军事政治活动后于1870年自立为喀什噶尔以及部分北疆的统治者。印度境内的英国人为了遏制俄国影响的扩张，便鼓励他建立帝国，并派遭使团前往修好和提供武器。
俄国人对这些事态的发展表示关切。他们认为阿古柏建立的帝国意味着英国势力的扩张，而如果从英、俄在近东和东亚对抗的更广泛的背景来看，这扩张就具有更大的政治意义了。不仅如此，新疆境内的骚乱已经对俄国的商业活动带来了不利，并在俄国的哈萨克人、吉尔吉斯人和其他少数民族中造成了动乱。
俄国的军人、官僚和资产阶级报刊全都吵嚷着要求长期占领伊犁，但是政府决定占领它到中国在新疆恢复政权时为止，然后把它交还给中国，以换取通往中国西部的几条新商路和某些“边界的调整”。1871 年7月，俄属突厥斯坦第一任总督考夫曼将军派兵占领了伊犁。
圣彼得堡试图造成一种印象， 似乎俄国人在这动乱之际监管伊犁是对中国的一种友好行动， 但是，俄国显然认为软弱无能的清政府再也不会恢复它在新疆的统治了。为了使动乱持续下去，同时也为了使他们能无限期地占领伊犁，俄国人于1872年和阿古柏签订了一一项商约；一年后，英国人也起而效尤。俄、英两国都承认了阿古柏的政权，由此换得了一些商业特权。
清政府必须先将陕、甘两省回民之乱平定以后，才能过问阿古柏的问题。1866年，清廷特派左宗棠为陕甘总督以镇压陕、甘的叛乱者。可是在他率军出征之前又被调去平定捻乱。1868 年捻乱平定以后，左宗棠才真正负起了这项重任，并于1873年，以他干练的领导、巧妙的战略和艰苦的战斗扑灭了这两省的叛乱。