公开资料显示，公共卫生中心始建于非典后的2004年，是上海市一号重大工程之一。中心本部位于上海市金山区，占地503亩，建筑面积101，389.22 平方米；分部位于上海市虹口区，占地45 亩，建筑面积26，026平方米，总核定床位660张。中心内设有市疾病预防控制中心实验室大楼和公共卫生应急指挥中心，拥有生物安全三级实验室、活细胞工作站、国内首台小动物CT等一大批先进科研设备。
公共卫生中心的成立与非典疫情不无关系，其部分参照了“小汤山模式”。2003年4月，非典疫情的爆发期，中央军委批准军队紧急支援北京，在距离北京昌平区中心10公里外的小汤山镇东北部，原小汤山疗养院东北边围墙外的一片空地上，搭建了简易病房，成为小汤山非典定点医疗点。该医疗点在两个月内，收治了全国1/7的非典病人。
小汤山医疗点以轻型建筑材料搭建了一层病房，建筑面积达2.5万平方米，分为污染区、半污染区和清洁区，设备按一级传染病医院标准配备。病房分作东西两区，每区建有6排病房。病房南侧是X光室、CT室、手术室。病房北侧为重病监护室、接诊室、检验科。
非典疫情平息后，小汤山医院依然存在了7年。国家突发公共卫生事件专家组成员、中国疾病控制预防中心流行病首席科学家曾光曾在接受媒体采访时表示，小汤山医疗点只好做好先期医疗、民用设施配备计划，5天时间就能恢复非典时正常运行的状态，并且其设置在远离城区的位置，能有效终端传染源的流行，是面对可能出现的大规模疫情时的一个选择。著名免疫学家、中国工程院院士沈倍奋也曾向北京市领导提出建议，暂时不要动这个地方。
在非典疫情后，国家传染病和公共卫生领域都做了许多改进，上海市的公共卫生中心应运而生。 据悉，公共卫生中除常设500张病床外，同时在大片草坪下预留有各种管线，可于短时间内搭建600张临时病床，以满足突发事件的需要。