众所周知，日本是一个岛屿国家，其国土以日本列岛为中心，加上向南延伸的南方诸岛（伊豆诸岛与小笠原诸岛）、以及向西南方延伸的琉球群岛（南西诸岛），如再加上南千岛群岛等存有主权争议的领土，全国共有6,852座岛屿构成，国土总面积共377,950.1平方公里。
日本列岛主要指北海道、本州、四国、九州等四大岛屿，上列四岛通称为“日本本土”，而不另加“岛”之后缀。琉球群岛的本岛冲绳岛有时也会列为日本本土之一。
就地壳板块而言，日本列岛是由欧亚大陆板块与其他板块碰撞突起而成，国土约75%属山地丘陵地带。日本列岛的地壳活动不稳定，居民时需防范火山及地震活动。
不过，火山活动能够产生温泉，深受民众与观光客喜爱。丘陵地形也令日本国内河流流程偏短、流域小、落差大。多山的地形加上四季分明的气候，使得日本的地理种类极具多样性。