大约1亿年前，裸子植物由盛而衰，被子植物得到发展，成为地球上分布最广、种类最多的植物。被子植物也叫显花植物 、有花植物，它们拥有真正的花，这些美丽的花是它们繁殖后代的重要器官，也是它们区别于裸子植物及其他植物的显著特征。被子植物有1万多属，约30万种，占植物界的一半。它们形态各异，包括高大的乔木、矮小的灌木及一些草本植物。
一、起源时间
多数专家和学者都认为被子植物起源于白垩纪或晚侏罗纪。这一观点也被多数的专家支持。同时，他们还得出结论：在白垩纪，木兰目的发展先于被子植物的其他类群。我国学者潘广等人近10年在对华北燕辽地区中侏罗纪地层中发现并确证了原始被子植物的存在，也发现了那时的单子叶和双子叶植物---木兰类和柔夷花序类均已发育较好。因此，被子植物的起源应早于白垩纪。这个观点提出后，在1999年第16届国际植物学大会已经引起植物专家界人士的关注。
二、发源地
经对现存最好的花粉粒和叶化石研究，表明被子植物起源于1.2～1.35亿年前的早白垩纪。至于被子植物的起源地,目前普遍认为很可能是在白垩纪的赤道带或靠近赤道带的某些地区。而中国的植物分类学家吴征镒教授，从中国植物区系研究的角度出发，提出整个被子植物区系早在第三纪以前，便在古代统一的大陆的热带地区发生，同时他还认为中国南部、西南部和中南半岛，以胶在北纬20°～40°间的广大地区，最富于特有的古老科、属，这一地区就是被子植物的发源地。然而至今关于被子植物起源地的问题，依然处于推测阶段。虽然多数专家赞同低纬度起源这一说法，但这一观点还有待于作更深入的研究。
三、可能的祖先
被子植物的属种异常庞杂，而且不同时期，其形态又变化很大，再加上它们分布极广，确实难用统一的特征将所有的被子植物归成一类。因此，对被子植物的祖先存在不同的假说，有多元论和单元论两种起源说。多元论认为被子植物来自许多不相亲近的群类，彼此是平行发展的。而单元论则认为所有的被子植物只能起源于一个祖先，而这一观点也是目前多数植物学家所主张的。主要依据是被子植物有许多独特和高度特化的性状，如雄蕊都有四个孢子（花粉）囊和特有的药室内层；大孢子叶（心皮）和柱头的存在；雌雄蕊在花轴排列的位置固定不变；双受精现象和三倍体胚乳；以及筛管和伴胞的存在。而主张被子植物起源于一个共同的祖先的单元论代表有哈钦森、塔赫他间、克朗奎斯特等。
然而就算所有的被子植物确实系单元起源，那么它们究竟又起源于哪一类植物呢？推测很多，至今未有定论。人们推测的有：藻类、蕨类、松杉目、买麻藤目、本内苏铁目、种子蕨等。目前比较流行假说，就是本内苏铁目和种子蕨这二种假说。前者提出被子植物的祖先类群可能是一群古老的裸子植物。并主张木兰目为现代被子植物的原始类型。这一观点已得到多数学者的支持。那么，木兰类是从哪一群原始被子植物起源的呢？而塔赫他间则认为被子植物的祖先并不是本内苏铁，而是与本内苏铁有一个共同的祖先，而它们共同的祖先则可能从一群最原始的种子蕨起源。虽然这一主张受到大部分系统发育学家的接受，但是由于化石纪录的不完全，这种假说也有待于做进一步的研究。