你大爷还是你大爷
要问体系与系统有什么不同，借用一句流行语，你大爷还是你大爷。体系与系统有许多不同，归根结底，体系是系统之系统，是系统发展到更高级阶段的产物；而系统则是要素之集成，是体系构成的基本单元。这就是根本区别，其它一切不过由此衍生。
归纳起来，衍生出的不同主要有五点：
一是构成要素不同系统的构成是要素，对应于实体就是零部件、单元体和功能模块等。这些要素不具备独立功能，只有按一定结构组成了系统才能形成一定功能，即1+1>2。比如，飞机是由机身、机翼、尾翼、发动机和起落架五大部件组成，拆开来五大部件就是几个单元体或功能模块，不具备独立功能，只有组织在一起，才能够飞上蓝天。
飞机的五大部件
体系的构成是系统，这也是体系被称为系统之系统的根本原因。在构建体系之前，各组成系统都具有各自的特定功能。一旦构成体系，在依然保留这些功能的基础上，还将通过涌现展现出新的功能，同样也是1+1>2。比如，飞机的空中编队就是一个小体系，每架飞机都可以独立地飞上蓝天，并遂行空中作战任务，但是一旦形成了体系，就有了相互掩护、协同作战的新功能。
飞机编队协同
二是基本构型不同系统的构成要素之间通过特定结构，保持着密切的时空联系，并且在空间上统一于某个实体之中。比如，飞机就是以机身为基准，机身在前，尾翼在后，机翼位于机身两侧，发动机位于机翼、机身或尾翼的适当部位，前起落架位于前机身下方，主起落架位于翼下机身两侧，由此形成了飞机的基本构型。
体系构成要素之间的联系则要松散得多，既没有特定的物理构型，也没有确定的时空分布，维系体系构成要素之间联系的主要是基于网络的信息交互。以飞机空中编队为例，可以通过飞行员之间的通信协同改变飞机之间的协同关系，也可以通过基于网络的信息交互实现飞机之间的自主协同。
飞机编队协同
三是联系方式不同这是基本构型不同的必然结果。
系统的构成要素之间要保持特定结构，必然要有某种刚性联系，这种联系可以是结构上的，也可以是能量上的。比如飞机的基本构型，就是通过五大部件的刚性连接而保持的。
体系构成要素之间的联系则是柔性的，既没有结构上的刚性连接，也没有直接的能量交换，而是依赖于网络互联基础上的信息交互。这其实是由构建体系的目的所决定的，构建体系的目的是实现体系构成要素之间的有效协同，而协同的前提在于明确规则与态势，前者是事先规定的，后者离不开信息的实时交互。仍然以飞机空中编队为例，其调整与转换，就离不开空中战场的实时态势信息。
武装直升机空中突击
四是复杂程度不同系统是要素的集成，体系是系统的集成。由要素构成系统，再由系统构成体系，显然，无论是研究问题，还是解决问题，后者的复杂程度和协调难度都是远大于前者的。关于这一点，无须多言。
五是问题背景不同就概念而言，系统问题在系统理论初创时期就已经提出并开始研究，最早可以追溯到1932年贝塔朗菲提出的系统论思想。体系问题则是在复杂大系统理论创立之后才开始研究的，最早可以追溯到1964年美国人在《城市系统中的城市系统》的论文中首次提到了“系统之系统”的概念。
具体到武器装备建设上来，20世纪60年代美国人率先将系统工程思想引入到了武器装备的采办管理中，提出了“全系统、全寿命”管理思想，在武器装备发展中将武器及其配套的技术装备等作为一个整体统一规划、整体推进，保证配套装备、相关资源等与主装备同时到位，确保主装备及时形成作战能力，由此提出了武器系统的概念，如航空武器系统、地面防空武器系统等等。
体系实践领先于体系概念。伴随着地空导弹和指挥自动化系统的出现以及二者的融合，地面防空系统率先开始了向更高层次和更大范围的地面防空体系的过渡。20世纪60年代，在越南战争中，美军尝试着以多机种混合编队压制并突防北越的地面防空体系，开创了空中战场与地面战场之间的体系对抗的先例。20世纪90年代，在海湾战争中，美军展示了以信息化手段为支撑的一体化联合作战的巨大威力，此后世界各国纷纷开启了武器装备体系化建设的进程。
可以看出，武器系统的概念来源于武器装备采办中的全系统、全寿命管理思想，武器装备体系的概念则来源于信息化战争中的体系对抗思想，并由此推动了武器装备的体系建设与体系运用。