1912年，北京的天主教知名人士马良（字相伯）、英华（字敛之）二人上书罗马教廷，建议在中国办一所教会大学。不久，第一次世界大战爆发，办学之事被搁置。1919年，罗马教廷重新考虑此事，多次派人来华了解中国教育情况，与英敛之等商谈办大学之事。最后，罗马教廷决定将办学之事委派美国教会组织本笃会办理。1923年8月，全美本笃会开会决议，由美国宾夕法尼亚州圣文森院院长司泰来全权负责此事。1925年司泰来派本笃会教士奥图尔来华筹备办公教大学并任校长。奥图尔与英敛之共同筹划，以十六万元租金，租得北京李广桥西街前清载涛贝勒府为校址，经整修后，聘请教师，购置设备，同年8.月开学的准备工作就绪。
在大学班招生之前，决定先成立国学专修科，招收大学预科学生一班，两年毕业，作为升入大学的预科，此时的校名决定沿用英敛之原在香山办的学社辅仁社为名，正式委派英敛之为社长。1925年10月辅仁社招得一班学生23人，均来自各地教会系统，开始上课。
1926年1月英敛之去世，辅仁社的校务由陈垣继任负责。他积极筹划建立大学事务，同年的暑期，准备招收大学班学生。根据当时的教育部《私立学校条例》，新的大学定名为“辅仁大学”。组织了董事会，奥图尔任校长，陈垣任副校长。先设立文科，分史学、国文、英文三系，招收了第二班预科学生。
1927年6月，学校报呈教育部请求承认，教育部派员视察，批准立案试办。
1929年6月，遵照南京政府教育部颁布的大学组织法，学校增设了理学院和教育学院，加上原来的文科改革文学院，共设三个学院十二个学系，另有一个医学先修科和美术专修科。同时，根据行政当局的有关设在中国的大学不得由外籍人任校长的规定，学校重组了董事会，推举陈垣为校长，奥图尔改任校务长。同年还撤销了预科，改为附属中学。
1933年，本笃会经费困难，罗马教廷改派美国和德国的圣言会接办学校。1934年以后，学校不断扩大基本建设，1937年3月，又购置了前清恭亲王府址为校园，6月开设文理两个研究所。
1937年芦沟桥事变后，辅仁大学因是教会所办，故未南迁。9月开始在文学院、教育学院各系及理学院数理系招收女生，以旧校址东部为女部校舍，由圣神会修女管理，并设立了司铎书院和物理研究所。1939年增设家政系。1941年，理科研究所增设化学部和生物部，仍附设医学预科。1942年太平洋战争爆发后，燕京、协和等学校均遭封闭，辅仁大学因有德国教会支持的缘故，未受冲击。同年增设日文系和西洋语言文学系德文组，并改美术专修科为美术学系。1943年，社会经济学系分为社会学系和经济学系，同年，教育学院教育系设立附属小学及幼稚园，作为教育系实习基地。至此，辅仁大学有了从研究所、大学、中学到小学、幼稚园一套完整的教育系统。1944年，文科研究所增设人类学部。
抗日战争期间，因北平的多数大学南迁，许多学生不愿上日伪办的大学，踊跃投考辅仁大学，学校的规模有了扩充。1945年抗日战争胜利后，日伪时期被捕的师生，以及到大后方去的教师相继返校。学校的力量进一步加强。同年9月日文系撤销。1946年9月，增设农学系，至1947年底时，学校共有4个学院，13个系，6个研究所，在校学生约2400人。
新中国成立后，辅仁大学仍留在北京办学。1950年10月，根据中央人民政府的决定，教育部接管辅仁大学，改为公办，任命陈垣为校长。1952年全国高等学校院系调整时，辅仁大学并入北京师范大学。
1956年，一部分在台湾的辅仁大学校友成立了“校友会”，呼吁在台湾省恢复辅仁大学。1961年，随着辅仁大学文学院哲学研究所，招收第一届研究生8名，标志着辅仁大学在台湾复校。现址新北市新庄区，设有12个学院、附设医院及若干博物馆、图书馆与研究院，是台湾主要综合大学之一。